به منظور راهبری کلان مرکز، شورایی متشکل از اشخاص حقیقی و حقوقی مسئولیت راهبری مجموعه را برعهده خواهند داشت. این شورا 3 ساله بوده و امکان تمدید احکام نفرات وجود دارد. اعضای شورا عبارتند از: استاندار اصفهان و یا یکی از معاونین وی، رئیس بنیاد نخبگان استان، 3 نفر شخصیت حقیقی دارای تخصص دانشگاهی و تجارب مدیریتی به پیشنهاد رئیس بنیاد نخبگان و تایید استاندار. اهم وظایف این شورا عبارتست از:

الف- تعیین سیاست‌های کلی مرکز

ب- پیشنهاد صدوراحکام دبیران و جانشینان کارگروه‌ها

ج- نظارت بر فرایندهای اجرایی کارگروه‌ها

د-تایید کلیه آیین نامه‌های اجرایی

ه- تایید نهایی یاداشت‌های سیاستی به منظور انتشار در پایگاه اطلاع رسانی مرکز

و- تدوین ساز و کار نظام ارتقای جایگاه سازمانی اعضای مرکز

ترکیب این شورا در حال حاضر به صورت زیر است: