به منظور راهبری کلان مرکز، شورایی متشکل از اشخاص حقیقی و حقوقی مسئولیت راهبری مجموعه را برعهده خواهند داشت. این شورا 3 ساله بوده و امکان تمدید احکام نفرات وجود دارد. اعضای شورا عبارتند از: استاندار اصفهان و یا یکی از معاونین وی، رئیس بنیاد نخبگان استان، 3 نفر شخصیت حقیقی دارای تخصص دانشگاهی و تجارب مدیریتی به پیشنهاد رئیس بنیاد نخبگان و تایید استاندار. اهم وظایف این شورا عبارتست از:

الف- تعیین سیاست‌های کلی مرکز

ب- پیشنهاد صدوراحکام دبیران و جانشینان کارگروه‌ها

ج- نظارت بر فرایندهای اجرایی کارگروه‌ها

د-تایید کلیه آیین نامه‌های اجرایی

ه- تایید نهایی یاداشت‌های سیاستی به منظور انتشار در پایگاه اطلاع رسانی مرکز

و- تدوین ساز و کار نظام ارتقای جایگاه سازمانی اعضای مرکز

ترکیب این شورا در حال حاضر به صورت زیر است:

دکتر سیدمصطفی خضری؛ معاون توسعه مدیریت و منابع استانداری اصفهان

دکتر مهدی طغیانی؛ دکتری علوم اقتصادی، عضو هیئت علمی دانشگاه اصفهان، سخنگوی کمیسیون اقتصادی یازدهمین دوره مجلس شورای اسلامی

مهندس امیرحسین کمیلی؛ مهندسی صنایع دانشگاه صنعتی اصفهان، رئیس اسبق سازمان صمت استان اصفهان، رئیس اسبق سازماند پسماند شهرداری اصفهان

دکتر حامد یزدیان؛ دکتری مهندسی عمران آب، عضو هیئت علمی دانشگاه اصفهان، 

مهندس مجتبی شاهمرادی؛ رئیس اسبق سازمان فرهنگی اجتماعی ورزشی شهرداری اصفهان، رئیس اسبق حوزه هنری اصفهان

دکتر روح الله میرزا امیری؛ مدیر امورکمیسیون ها و تشکل های اقتصادی اتاق بازرگانی اصفهان، معاون شهرسازی و معماری شهردار اصفهان، دبیر منطقه ویژه علم و فناوری استان اصفهان

دکتر حسین ربانی؛ رئیس بنیاد نخبگان استان اصفهان

دکتر علی فتاحی؛ معاون بنیاد نخبگان استان اصفهان